Nun begann für den Sohn des reichen Kaufmanns ein neues Leben: Er kleidete sich mit einem einfachen Büßergewand aus brauner Wolle und zog sich in einsame Höhlen und abgelegene, zerfallene Kapellen zurück. Eines Tages hörte er die Stimme Jesu, als er vor einem Kreuz betete: „Franziskus, geh hin und stelle mein Haus wieder her!“ Daraufhin begann Franziskus, verfallene Kapellen zu renovieren, da er die Aufforderung zunächst wörtlich verstand.

1209 wurde in der kleinen Kapelle von Portiunkula das Evangelium von der Aussendung der Jünger gelesen; dem zufällig anwesenden Franziskus gab dies den Anstoß, unter die Leute zu gehen und zu predigen. Bald scharten sich die ersten Gefährten um ihn. Die „minderen Brüder“, wie sie sich nun nannten, zogen als Wanderprediger umher und arbeiteten bei den Leuten. Sie waren arm und fröhlich. Sie verkündeten den Frieden und die Frohe Botschaft Gottes – mehr durch ihr Leben als durch ihre Worte.

1210 hörte Klara die Predigten von Franziskus, zwei Jahre später schloss sie sich als erste Frau der Gruppe an. Zu ihrer Zeit gab es für Frauen nur eine Alternative zur Heirat, nämlich das Kloster. War die Frau von edler Herkunft, so heiratete sie „edel“, und wenn sie ins Kloster ging, lebte sie auch dort „edel“. Klara war von edler Herkunft, ihre Eltern gehörten zum Adel Assisis. Als sie in der Nacht des Palmsonntags 1212 heimlich ihr Elternhaus verließ, um zu den Brüdern nach Portiunkula zu gehen, hatte sie einen Schritt getan, dessen Folgen sie sicher nicht in allen Konsequenzen vorausgesehen hatte.

Klara hatte sich wie Franziskus für das Evangelium entschieden und für die Art und Weise der Nachfolge, wie sie es bei Franziskus und seinen Brüdern sah. Franziskus schnitt ihr feierlich die Haare ab, bekleidete sie mit dem groben Bußgewand, sie legte ihm die Gelübde von Armut, Keuschheit und Gehorsam ab. Es gelang ihr, den ihr nachstellenden Familienangehörigen die Unwiderruflichkeit ihrer Entscheidung klarzumachen, indem sie ihnen ihr geschorenes Haupt zeigte.

Franziskus gründete für Klara, ihre Schwester und weitere Gefährtinnen den „Zweiten Orden der Armen Frauen“ als Zweig des ersten Ordens, seiner Bruderschaft. Die Benediktiner von S. Angelo überließen den Frauen das Kirchlein San Damiano vor den Toren Assisis, wo Klara als Äbtissin der sich rasch vermehrenden klösterlichen Gemeinschaft vorstand. Ihre Schwestern Agnes und Beatrice sowie ihre Mutter folgten ihr schließlich dorthin.

Die schon als Kind kränkliche Klara war ab 1224 ganz ans Bett gefesselt, von hier aus leitete sie ihren sich in mehreren Klöstern ausbreitenden Orden. Da sie ihr Erbe den Armen vermacht hatte, war sie auch arm geworden. Sie war ganz bewusst aus ihrem bisherigen sozialen Gefüge herausgetreten und musste fast vierzig Jahre darum kämpfen, nicht wieder „eingefangen“ zu werden. Als erste Frau hatte sie eine Ordensregel verfasst und sich standhaft gegen die „Rezepte“ anderer gewehrt.

Sie war kein Anhängsel an Franziskus, sondern eigenständig und eigenwillig. Ganz deutlich wird dieser Zug bei ihrem „Armutsstreit“ mit der kirchlichen Autorität. Erst zwei Tage vor ihrem Tod konnte sie das päpstliche Dokument in Händen halten, das ihr bescheinigte, dass niemand sie oder die Schwestern ihrer Gemeinschaft jemals zwingen könne, von der von ihnen freiwillig gewählten Armut abzulassen. Ihr einziges Privileg, das sie jemals schriftlich verbürgt haben wollte, war, kein Privileg haben zu müssen. Franziskus blieb stets in Kontakt mit dieser unbeugsamen Frau und bat sie oft um Rat.

Im Laufe weniger Jahre wuchs die Gemeinschaft Franziskus aus einer kleinen Gruppe von zwölf Freunden zu einer weit verbreiteten Gemeinschaft. An Pfingsten 1217 trafen sich die Brüder in Assisi und beschlossen, auch in Frankreich, Spanien und Deutschland kleine Niederlassungen zu gründen. Franziskus selbst ging 1219, mitten in der Zeit der Kreuzzüge, zu den Sarazenen (Muslimen). Ursprünglich wollte er sie zum Christentum bekehren. Entgegen den Befürchtungen seiner Mitreisenden gelang Franziskus unbeschadet zum Sultan, schloss Freunschaft mit ihm und setzte sich so für eine friedliche Lösung des Konfliktes zwischen den verfeindeten Religionen ein.

Am 29. November 1223 bestätigte Papst Honorius III. endgültig die Lebensregel der Minderbrüder, die Franziskus zusammen mit einigen Vertrauten in einer Einsiedelei verfasst hatte.

Trotz vieler innerer und äußerer Leiden, trotz Krankheit und Erschöpfung, blieb Franziskus der „Bruder Immerfroh“. Von Schmerzen gepeinigt und den nahen Tod vor Augen, dichtete er bei Klara in San Damiano den Sonnengesang, eine Einladung an die Schöpfung zum Lobpreis Gottes.

Das Leben des „Poverello“, des Armen von Assisi, stand ganz in der Nachfolge des Gekreuzigten, dem er zeitlebens nacheiferte. So sehr glich er schließlich seinem leidenden Herrn, dass er zwei Jahre vor seinem Tod die Wundmale Jesu Christi empfing.

1226, am Abend des 3. Oktobers, starb Franziskus an der Portiunkula, der Geburtsstätte seiner Bruderschaft. Bereits knapp zwei Jahre nach seinem Tod wurde Franziskus heilig gesprochen. Bald brachte man seinen Leichnam in die prächtige Doppelbasilika „San Francesco“, die man zu seiner Ehre am westlichen Stadtrand von Assisi errichtet hatte.

Klara starb 1253. Mehr als 150 Klöster – darunter einige im heutigen Osteuropa – hatten sich ihr zum Zeitpunkt ihres Todes angeschlossen. Zwei Jahre nach ihrem Tode wurde auch Klara heilig gesprochen.

Bis heute erfreuen sich Franz und Klara von Assisi, über die Grenzen der Konfessionen, ja sogar über die Schranken der Religionen hinweg, einer ungeteilten Beliebtheit.